Compuso varias docenas de canzonettas (incluyendo dos colecciones dedicadas a la Filomeli), dos libros de madrigales y, para la Compagnia di Santa Caterina, un conjunto de responsorios de Semana Santa, ganando reconocimiento como un exponente de la emergente 'seconda pratica'. En 1603 Pecci mató a un compañero 'uomo d'arme' en un duelo, y su exilio resultante lo llevó a Roma, donde conoció al compositor modenés Alfonso Fontanelli. Pecci murió al año siguiente y fue sepultado con privilegio espiritual por la Compagnia di Santa Caterina.

La reputación de Pecci en el siglo XVII se extendió más allá de Siena. Fue incluido en la lista de Giulio Cesare Monteverdi de notables compositores de la 'seconda pratica' (publicado en "Scherzi Musicali" de Claudio Monteverdi, 1607) junto con Rore, Gesualdo, Fontanelli y otros. Fue elogiado por Adriano Banchieri y Pietro della Valle, admirado por Fontanelli y alabado en un poema de Marino. La 'seconda pratica' anima no sólo madrigales y responsorios de Pecci, sino también sus canzonettas. Por lo general escogió la forma poética concisa del madrigal epigramático como base para sus obras seculares, reescribiendo extensamente los textos originales para mucha de su música de canzonettas. Igualó la maravilla    afectiva de los textos con disonancias múltiples y no preparadas, cromatismo, cambios inesperados de modo y de hexacorde, intervalos melódicos expresivos, yuxtapuestas relaciones de terceras y patrones cadenciales no convencionales. El madrigal "Era l'anima mia" (1612) y la canzonetta "Mori mi dici" (16037) ofrecen ilustración convincente de estos recursos.